Το FIB-SEM έχει πολλές εφαρμογές, όπως:
- Ανάλυση, εναπόθεση και αφαίρεση υλικών σε μια συγκεκριμένη τοποθεσία, ειδικά για ημιαγωγούς και επιστήμη υλικών.
- Κατασκευή λεπτών και υψηλής ποιότητας δειγμάτων για ηλεκτρονική μικροσκοπία μετάδοσης (TEM) από διαφορετικά είδη υλικών.
- Οπτικοποίηση και χαρακτηρισμός δομών κάτω από την επιφάνεια και σε 3D με εναλλασσόμενη κοπή FIB και απεικόνιση SEM.
- Δημιουργία και σχεδιασμός συσκευών σε νανοκλίμακα με σκάλισμα και προσθήκη FIB.